Esta oficina vai mostrar os diferentes passos e ferramentas para escrever manuscritos acadêmicos ou relatórios técnicos de forma automatizada e reprodutível usando R e rmarkdown. Iremos abordar os seguintes temas: estrutura de um documento de rmarkdown, estrutura de pastas, fluxos de trabalho de um projeto de escrita, boas práticas de programação em R, citação (arquivos .bib) e gestores de bibliografia, formatação e integração com editores de texto tradicionais e LaTeX. A oficina será dividida em uma parte conceitual e uma parte prática. O objetivo é que todas as pessoas participantes finalizem a oficina com um documento de texto gerado a partir de um arquivo Rmd contendo texto, uma figura, uma tabela e referências bibliográficas.
Os participantes deverão instalar os pacotes rmarkdown, knitr e kableExtra, remedy e palmerpenguins e os programas Pandoc e Zotero, ou qualquer outro gestor de bibliografia, como Mendeley ou EndNote.
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├── citation/ # arquivos .bib
├── data/ # dados
├── exemplo/ # arquivo .Rmd
├── figs/ # figuras geradas pelos scripts
├── output/ # outputs gerados pelos scripts
└── scripts/ # scripts de R com análises
A oficina será ministrada por Andrea Sánchez-Tapia e Sara Ribeiro Mortara.
Andrea Sánchez-Tapia. Bióloga, Pesquisadora pós-doutoral do Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento do Jardim Botânico do Rio de Janeiro. Co-fundadora de ¡liibre! - laboratório independente de informática da biodiversidade e reprodutibilidade em ecologia. Co-organizadora do capítulo RLadies+ Rio de Janeiro.
Sara Ribeiro Mortara. Bióloga, doutora em Ecologia e pesquisadora do Instituto Internacional para Sustentabilidade. Trabalha com ciência de dados e biodiversidade. É co-fundadora do ¡liibre! - laboratório independente de informática da biodiversidade e reprodutibilidade em ecologia e co-organizadora do capítulo R-Ladies+ Rio de Janeiro.