联系管理员创建账号密码（如zhangsan/123456）
推荐Xshell和Xftp
下载地址：https://www.netsarang.com/zh/free-for-home-school/
以Xshell为例，打开软件,点击左上角 ‘新建’，依次填写名称、主机及端口号
| 名称 | 主机 | 端口号 |
|---|---|---|
| 自定义 | 192.168.20.4 | 22 |
| 自定义 | 10.181.7.169 | 65533 |
点击左上角的“用户身份验证”，依次填写管理员提供的用户名和密码，点击确定，连接成功。
Xftp类同。
兴庆集群
| 属性 | Queue | nodes | cpu | storage |
|---|---|---|---|---|
| 数量 | 2 | 15 | 640C | 476T |
创新港集群
| 属性 | Queue | nodes | cpu | storage |
|---|---|---|---|---|
| 数量 | 2 | 16 | 1000C | 1300T |
queue目前有两个：batch和fat，fat的内存较大、CPU核数较多。
兴庆集群
创新港集群
vnodes # 查看集群各节点资源
qnodes # 查看节点上的队列信息
pestat # 查看各节点当前状态
showq # 查看队列
df -Th # 查看磁盘大小
ls -a # 显示当前文件夹下所有文件，包含.files
less file # 浏览文件file
free -g # 查看机器内存情况
top # 显示系统中各个进程的资源占用状况
pbs脚本示例说明
#!/bin/bash
#PBS -N <jobname>
#PBS -q <queuename>
#PBS -d <workdir>
#PBS -o <path_outfile>
#PBS -e <path_errfile>
#PBS -l nodes=<num_n>:ppn=<num_p>,walltime=<hh:mm:ss>
<the content>
For example:
#!/bin/bash
#PBS -N test_1
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=24,walltime=24:00:00
<the content>
说明：
<jobname> 表示作业名称，必填
<queuename> 表示 队列名称（当前集群已设置的队列：batch），必填
<workdir> 表示 工作路径
<hh:mm:ss> 表示 标准输出文件路径及名称
<path_errfile> 表示 错误输出文件路径及名称
<num_n> 表示 节点数量，必填
<num_p> 表示 核心数量，必填
<hh:mm:ss> 表示 作业运行时间
<the content> 表示 需要执行的命令、程序，必填
qsub MyPBS.pbs
qstat -an
qdel YourJobID
★ 兴庆集群回收站保存时间为24小时，创新港集群保存时间为7*24小时。
创新港集群恢复操作
兴庆集群联系管理员
★ 个人账号只限个人使用，严谨将账号和密码泄露给外人；
★ 禁止在登陆节点（创新港manager、兴庆mu01）上直接运行程序，如造成节点故障首次惩罚一周禁用集群，再次一个月禁用集群；
★ 禁止直接进入计算节点执行任务，会影响作业调度，如有发现，管理员立即终止任务，违规者首次惩罚一周禁用集群，再次一个月禁用集群；
★ 严谨使用集群进行项目无关的任何活动和行为；
★ 使用snakemake提交作业时，禁止调度所有节点，必须空出至少1/2的计算节点资源；
★ 人员发生调动时，请调动人员做好数据备份和移交，管理员及时清理；
★ 私有数据和程序需存放在用户目录下，不能放在共有目录或他人目录下；
★ 注意程序生成文件的路径，务必放在自己的目录下，如果不慎放在其他目录，及时删除；
★ 资源按需申请，避免浪费，熟悉程序参数（Thread）；
★ 不得随意创建定时任务；
★ 如执行vnodes显示资源充足，但是提交作业后一直处于排队状态，联系管理员刷新资源管理器，释放资源；
★ 如果作业运行时间较长，定时检查自己的作业是否有卡死或者极大消耗内存的问题，并及时删除有问题的作业；
★ 批量提交作业时，先少量测试，没有问题再大量提交；
★ 多用压缩文件或二进制文件（fq.gz,bam）；
★ 多用管道少保留中间文件；
★ 不用的数据及时删除；
★ 如误删文件，及时联系管理员恢复；
★ 如删除文件较大，可将需删除的文件mv到用户所在目录的WillDelete文件夹中，管理员负责定时清理；
★ 删除文件数量较多时，建议分批删除，避免I/O错误，若删除文件较大时，及时通知管理员释放回收站；
★ 由于资源紧张（兴庆），垃圾回收站只保留24小时内的文件，如有误删操作，及时联系管理员恢复；
★ manager上安装软件显示rm问题造成安装失败问题，建议进入login节点进行安装（回收站程序问题）。