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#!/usr/bin/python3
# usage: ./relatorio2.py 2020-04-21 https://covid19.min-saude.pt/wp-content/uploads/2020/04/50_DGS_boletim_20200421.pdf 50_DGS_boletim_20200421.sql
import sys, argparse
import subprocess
import re
from concelhos import municipalities
import difflib
from datetime import datetime
def generate_sql(sqlfile, concelhos, casos):
idx = 0
while idx < len(concelhos):
if concelhos[idx] == 'Lagoa (Faro)':
dico = '0806'
elif concelhos[idx] == 'Calheta (Madeira)':
dico = '3101'
else:
dico = municipalities[concelhos[idx]]
sqlfile.write("-- {} \n".format( concelhos[idx] ))
altdate = datetime.fromisoformat(args.date)
sqlfile.write("UPDATE public.confirmados_concelho SET \"{}\" = {} where dico = '{}';\n".format( altdate.strftime("%d/%m/%Y"), casos[idx], dico ))
idx += 1
def fix_municipality_list(municipality):
idx = 0
while idx < len(municipality):
canonical = difflib.get_close_matches(municipality[idx].upper(), municipalities.keys(), n=1)
if canonical:
score_alone = difflib.SequenceMatcher(None, municipality[idx].upper(), canonical[0]).ratio()
print("{} → {} → {}".format(score_alone, municipality[idx].upper(), canonical[0]))
if score_alone < 1.0 and idx < len(municipality)-1:
nome_potencial = " ".join([municipality[idx].upper(), municipality[idx+1].upper()])
potencial = difflib.get_close_matches( nome_potencial, municipalities.keys(), n=1)
if potencial:
score_with_next = difflib.SequenceMatcher(None, nome_potencial, potencial[0]).ratio()
print(" {} → {}".format(score_with_next, nome_potencial ))
if score_alone < score_with_next:
potencial = difflib.get_close_matches( nome_potencial, municipalities.keys(), n=1)
municipality[idx] = potencial[0]
municipality.pop(idx+1)
else:
municipality[idx] = canonical[0]
else:
municipality[idx] = canonical[0]
else:
municipality[idx] = canonical[0]
else:
print("{} → {} → {}".format(0.0, municipality[idx].upper(), '--SEM MATCH--'))
idx += 1
return municipality
parser = argparse.ArgumentParser(description='Process DGS report')
parser.add_argument('date')
parser.add_argument('url')
parser.add_argument('sql')
args = parser.parse_args()
print(args.date)
print(args.url)
url = args.url
print(args.sql)
report = url[url.rfind("/")+1:]
print(report)
sqlfile = open(args.sql,"w+")
sqlfile.write("INSERT INTO public.situacao_epidemiologica (url,data_relatorio) VALUES ('{}', '{}');\n".format(args.url, args.date))
# 1a página
pagina = 1
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x 456 -y 873 -W 150 -H 723 {} -".format(pagina, pagina, report))
dados = list(filter(None, [x.strip(' *') for x in stdoutdata.splitlines()]))
valores = [int(i) for i in dados]
print(valores);
if len(valores) != 7:
print("Problema na página {}".format(pagina))
else:
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET suspeitos = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[0], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[1], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET nao_confirmados = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[2], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET aguarda_resultados = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[3], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET recuperados = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[4], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[5], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET em_vigilancia = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[6], args.date))
# 2a página
pagina = 2
# casos masculino
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x 846 -y 1170 -W 130 -H 350 {} -".format(pagina, pagina, report))
dados = list(filter(None, [x.strip() for x in stdoutdata.splitlines()]))
valores = [int(i) for i in dados]
print(valores);
if len(valores) != 10 and sum(valores[0:9]) != valores[-1]:
print("Problema na página {}".format(pagina))
else:
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_0_9 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[0], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_10_19 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[1], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_20_29 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[2], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_30_39 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[3], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_40_49 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[4], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_50_59 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[5], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_60_69 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[6], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_70_79 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[7], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_masculino_80_sup = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[8], args.date))
# casos feminino
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x 1000 -y 1170 -W 130 -H 350 {} -".format(pagina, pagina, report))
dados = list(filter(None, [x.strip() for x in stdoutdata.splitlines()]))
valores = [int(i) for i in dados]
print(valores);
if len(valores) != 10 and sum(valores[0:9]) != valores[-1]:
print("Problema na página {}".format(pagina))
else:
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_0_9 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[0], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_10_19 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[1], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_20_29 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[2], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_30_39 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[3], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_40_49 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[4], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_50_59 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[5], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_60_69 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[6], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_70_79 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[7], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET confirmados_feminino_80_sup = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[8], args.date))
# casos importados
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x 20 -y 850 -W 585 -H 785 {} -".format(pagina, pagina, report))
dados = list(filter(None, [x.strip() for x in stdoutdata.splitlines()]))
# print(dados);
nums = []
for i in dados:
nums.extend( re.findall(r'\d+', i) )
valores = [int(i) for i in nums]
print("CASOS IMPORTADOS: {}".format(sum(valores)));
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET importados = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(sum(valores), args.date))
# 4a página
pagina = 4
# caracterização clínica
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x 124 -y 457 -W 956 -H 61 {} -".format(pagina, pagina, report))
print( stdoutdata.splitlines() )
dados = list(filter(str.isdigit, stdoutdata.splitlines()))
valores = [int(i) for i in dados]
print(valores);
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET internados = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[0], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET internados_uci = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[1], args.date))
# ,,,,,
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x 192 -y 708 -W 859 -H 40 {} -".format(pagina, pagina, report))
print( stdoutdata.splitlines() )
dados = list(filter(str.isdigit, [x.strip('%') for x in stdoutdata.splitlines()]))
valores = [int(i) for i in dados]
print(valores);
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET sintoma_febre = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[0], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET sintoma_tosse = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[1], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET sintoma_respiratoria = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[2], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET sintoma_cefaleia = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[3], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET sintoma_dores = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[4], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET sintoma_fraqueza = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[5], args.date))
# óbitos
# casos masculino
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x 551 -y 1060 -W 140 -H 345 {} -".format(pagina, pagina, report))
dados = list(filter(None, [x.strip() for x in stdoutdata.splitlines()]))
valores = [int(i) for i in dados]
print(valores);
if len(valores) != 10 and sum(valores[0:9]) != valores[-1]:
print("Problema na página {}".format(pagina))
else:
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_0_9 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[0], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_10_19 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[1], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_20_29 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[2], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_30_39 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[3], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_40_49 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[4], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_50_59 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[5], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_60_69 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[6], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_70_79 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[7], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_masculino_80_sup = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[8], args.date))
# óbitos
# casos feminino
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x 712 -y 1060 -W 140 -H 345 {} -".format(pagina, pagina, report))
dados = list(filter(None, [x.strip() for x in stdoutdata.splitlines()]))
valores = [int(i) for i in dados]
print(valores);
if len(valores) != 10 and sum(valores[0:9]) != valores[-1]:
print("Problema na página {}".format(pagina))
else:
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_0_9 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[0], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_10_19 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[1], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_20_29 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[2], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_30_39 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[3], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_40_49 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[4], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_50_59 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[5], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_60_69 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[6], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_70_79 = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[7], args.date))
sqlfile.write("UPDATE public.situacao_epidemiologica SET obitos_feminino_80_sup = {} where data_relatorio = '{}';\n".format(valores[8], args.date))
# # concelhos
print()
pagina = 3
#coluna 1
if datetime.fromisoformat(args.date) >= datetime.fromisoformat("2020-05-23"):
x_1 = 70; x_2 = 219; y = 430; width_1 = 148; width_2 = 57; height = 1130
else:
x_1 = 70; x_2 = 219; y = 453; width_1 = 148; width_2 = 57; height = 1130
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_1, y, width_1, height, report))
stdoutcasos = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_2, y, width_2, height, report))
dados = list(filter(None, stdoutdata.splitlines()))
casos = list(filter(None, stdoutcasos.splitlines()))
# print(dados)
dados = fix_municipality_list(dados)
print(casos)
print("Concelhos vs Casos: {} {}".format(len(dados), len(casos)))
generate_sql(sqlfile, dados, casos)
#coluna 2
if datetime.fromisoformat(args.date) >= datetime.fromisoformat("2020-05-23"):
x_1 = 300; x_2 = 444; y = 430; width_1 = 144; width_2 = 60; height = 1130
else:
x_1 = 300; x_2 = 444; y = 453; width_1 = 144; width_2 = 53; height = 1130
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_1, y, width_1, height, report))
stdoutcasos = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_2, y, width_2, height, report))
dados = list(filter(None, stdoutdata.splitlines()))
casos = list(filter(None, stdoutcasos.splitlines()))
# print(dados)
dados = fix_municipality_list(dados)
print(casos)
print("Concelhos vs Casos: {} {}".format(len(dados), len(casos)))
generate_sql(sqlfile, dados, casos)
#coluna 3
if datetime.fromisoformat(args.date) >= datetime.fromisoformat("2020-05-23"):
x_1 = 520; x_2 = 668; y = 430; width_1 = 148; width_2 = 53; height = 1130
else:
x_1 = 520; x_2 = 668; y = 453; width_1 = 148; width_2 = 53; height = 1130
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_1, y, width_1, height, report))
stdoutcasos = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_2, y, width_2, height, report))
dados = list(filter(None, stdoutdata.splitlines()))
casos = list(filter(None, stdoutcasos.splitlines()))
# print(dados)
dados = fix_municipality_list(dados)
print(casos)
print("Concelhos vs Casos: {} {}".format(len(dados), len(casos)))
generate_sql(sqlfile, dados, casos)
#coluna 4
if datetime.fromisoformat(args.date) >= datetime.fromisoformat("2020-05-23"):
x_1 = 740; x_2 = 879; y = 430; width_1 = 134; width_2 = 65; height = 1130
else:
x_1 = 740; x_2 = 879; y = 453; width_1 = 134; width_2 = 65; height = 1130
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_1, y, width_1, height, report))
stdoutcasos = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_2, y, width_2, height, report))
dados = list(filter(None, stdoutdata.splitlines()))
casos = list(filter(None, stdoutcasos.splitlines()))
# print(dados)
dados = fix_municipality_list(dados)
print(casos)
print("Concelhos vs Casos: {} {}".format(len(dados), len(casos)))
generate_sql(sqlfile, dados, casos)
#coluna 5
if datetime.fromisoformat(args.date) >= datetime.fromisoformat("2020-05-23"):
x_1 = 952; x_2 = 1110; y = 430; width_1 = 146; width_2 = 65; height = 1130
else:
x_1 = 952; x_2 = 1102; y = 453; width_1 = 146; width_2 = 65; height = 1130
stdoutdata = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_1, y, width_1, height, report))
stdoutcasos = subprocess.getoutput("pdftotext -f {} -l {} -r 150 -x {} -y {} -W {} -H {} {} -".format(pagina, pagina, x_2, y, width_2, height, report))
dados = list(filter(None, stdoutdata.splitlines()))
casos = list(filter(None, stdoutcasos.splitlines()))
# print(dados)
dados = fix_municipality_list(dados)
print(casos)
print("Concelhos vs Casos: {} {}".format(len(dados), len(casos)))
generate_sql(sqlfile, dados, casos)
sqlfile.close()