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@@ -14,10 +14,7 @@ runtime: shiny_prerendered
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```{r setup, include=FALSE}
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BioDataScience3::learnr_setup()
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-
SciViews::R()
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-
library(mlearning)
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-
library(exploreit)
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-
library(rsample)
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+
SciViews::R("explore", "ml", lang = "fr")
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# Import dataset ----
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rice <- read("rice", package = "BioDataScience3", lang = "fr")
@@ -60,7 +57,7 @@ L'objectif de ce tutoriel est de comprendre la validation croisée et de l'appli
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Les données employées dans cette séance d'exercice sont associées à l'article : ["Classification of Rice Varieties Using Artificial Intelligence Methods"](https://doi.org/10.18201/ijisae.2019355381). N'hésitez pas à consulter cet article pour en apprendre davantage sur ces données.
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```{r, echo=TRUE}
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-
rice <- read("rice", package = "BioDataScience3", lang = "fr")
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+
rice <- read("rice", package = "BioDataScience3")
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```
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Le tableau `rice` comprend `r nrow(rice)` observations. Deux espèces de riz sont étudiées : `Cammeo` et `Osmancik`. Sur base d'analyse d'image, sept variables morphologiques sont extraites comme le périmètre, l'aire ou encore la longueur de l'axe majeur.
@@ -103,7 +100,7 @@ L'exploration des données a été réalisée pour vous. Avant de passer à la s
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Utilisez les fonctions `initial_split()`, `training()` et `testing()` du package `rsamples` afin de définir votre set d'apprentissage et votre set de test. Votre set d'apprentissage se nomme `rice_train` et votre set de test se nomme `rice_test`. Il vous est demandé de réaliser un set d'entrainement contenant 0.8 des observations. Cet échantillonnage doit être stratifié grâce à la variable `class`.
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```{r rice_split_h2, exercise = TRUE}
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-
set.seed(888) # Fixer le début du générateur de nombres pseudo-aléatoires
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+
set.seed(8888) # Fixer le début du générateur de nombres pseudo-aléatoires
@@ -141,7 +138,7 @@ grade_code("Parfait ! Vous avez réalisez votre set d'apprentissage et votre set
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Il vous est demandé de réaliser un classifieur utilisant l'analyse discriminante linéaire. C'est à vous de définir le tableau de données à employer entre `rice`, `rice_train` et `rice_test`.
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-
Entrainez un modèle de type discriminant linéaire avec le set d'apprentissage. Votre objectif est de prédire la variable `class` à l'aide des sept variable. Assignez le classifieur n'utilisant pas la validation croisée à `rice_lda` et assignez le classifieur utilisant la validation croisée à rice_cv_lda.
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+
Entrainez un modèle de type analyse discriminant linéaire avec le set d'apprentissage. Votre objectif est de prédire la variable `class` à l'aide des sept variable. Assignez le classifieur n'utilisant pas la validation croisée à `rice_lda` et assignez le classifieur utilisant la validation croisée à rice_cv_lda.
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```{r lda_h2, exercise = TRUE}
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set.seed(8888)
@@ -170,7 +167,7 @@ grade_code("Votre LDA est entrainé. Il faut encore mesuré ces performances.",
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*La formule doit être écrite sous sa forme condensée*
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-
### Analyse discriminante linéaire avec validation croisée
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+
Réalisez à présent votre modèle en utilisant la validation croisée.
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```{r lda_cv_h2, exercise = TRUE}
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set.seed(8888)
@@ -234,7 +231,7 @@ summary(rice_conf)
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```
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```{r pred_lda_h2-check}
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-
grade_code("Vous venez les analyses des performances du premier classifieur. Prenez un peu de temps pour analyser votre matrice de confusion et les métriques qui en découlent.")
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+
grade_code("Vous venez de calculer les métriques de performances du premier classifieur. Prenez un peu de temps pour analyser votre matrice de confusion et les métriques qui en découlent.")
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235
```
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Évaluez les performances du second classifieur `rice_lda_cv` à l'aide d'une validation croisée dix fois.
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