major changes A04La > several learnr

Author: ConotteR

DESCRIPTION

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 Package: BioDataScience1
-Version: 2020.2.0
+Version: 2020.3.0
 Title: A Series of Learnr Documents for Biological Data Science 1
 Description: Interactive documents using learnr for studying biological data science.
 Authors@R: c(

NEWS.md

@@ -1,5 +1,9 @@
 # BioDataScience1 News
 
+## Changes in version 2020.3.0
+
+- major change for A04L : several learnr
+
 ## Changes in version 2020.2.0
 
 - Rename several shinyapps

inst/shiny/A02Sa_limits/app.R

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+---
+title: "Graphiques en barres"
+subtitle: "Visualisation III"
+author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
+description: "**SDD I Module 4** Exploration de graphiques plus avancés dans R."
+tutorial:
+  id: "A04La_barres"
+  version: 2.0.0/4
+output:
+  learnr::tutorial:
+    progressive: true
+    allow_skip: true
+    fig_caption: yes
+runtime: shiny_prerendered
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+BioDataScience1::learnr_setup()
+SciViews::R()
+library(BioDataScience)
+library(ggridges)
+# Dataset
+set.seed(2710)
+e_mathaei <- data_frame(id = 1:345, variety = c(rep("black", times = 236), rep("purple" , times = 40), rep("brown", times = 35), rep("green", times = 34)), site = sample(c("site_A", "site_B"), size = 345, replace = TRUE))
+crabs <- read("crabs", package = "MASS", lang = "fr")
+```
+
+```{r, echo=FALSE}
+BioDataScience1::learnr_banner()
+```
+
+```{r, context="server"}
+BioDataScience1::learnr_server(input, output, session)
+```
+
+----
+
+## Objectifs
+
+- Vérifier l'acquisition des notions relatives à la réalisation de graphiques en barres.
+
+## Oursins perforant dans la baie de Tuléar (Madagascar)
+
+La jeu de données nommé `e_mathaei` est un recensement de différentes variétés de l'oursin *Echinometra mathaei*. 
+
+```{r echino_data, echo = TRUE}
+# Visualisation de quelques lignes du tableau de données
+e_mathaei[c(200, 250, 300, 340), ]
+```
+
+### Dénombrement d'oursin 
+
+Les scientifiques produisent le graphique suivant :
+
+```{r}
+chart(e_mathaei, formula = ~ variety) +
+  geom_bar() +
+  coord_flip()
+```
+
+A partir du jeu de donnée `e_mathaei`, reproduisez le graphique ci-dessus représentant le nombre d'oursin pour chacune des variétés (`variety`).
+
+```{r bar1_h3, exercise=TRUE}
+chart(___, formula = ~ ___) +
+  ___() +
+  ___()
+```
+
+```{r bar1_h3-hint-1}
+chart(DF, formula = ~ ___) +
+  geom_bar() +
+  ___()
+```
+
+```{r bar1_h3-hint-2}
+chart(e_mathaei, formula = ~ FACTOR) +
+  geom_bar() +
+  coord_flip()
+
+#### Attention : solution dans le 'hint' suivant! ####
+```
+
+```{r bar1_h3-solution}
+chart(e_mathaei, formula = ~ variety) +
+  geom_bar() +
+  coord_flip()
+```
+
+```{r bar1_h3-check}
+grade_code("Vous venez de réaliser votre premier graphique en barre. Félicitation !")
+```
+
+### Dénombrement d'oursin par site
+
+Les scientifiques etudient ensuite le dénombrement par site et produisent le graphique suivant :
+
+```{r}
+chart(e_mathaei, formula = ~ site %fill=% variety) +
+  geom_bar()
+```
+
+A partir du jeu de donnée `e_mathaei`, reproduisez le graphique ci-dessus représentant le nombre d'oursin pour chacune des variétés (`variety`) en fonction du site (`site`).
+
+```{r bar2_h3, exercise=TRUE}
+chart(___, formula = ~ ___ ___ ___) +
+  ___()
+```
+
+```{r bar2_h3-hint-1}
+chart(DF, formula = ~ ___ %fill=% ___) +
+  geom___()
+```
+
+```{r bar2_h3-hint-2}
+chart(e_mathaei, formula = ~ FACTOR %fill=% FACTOR) +
+  geom_bar()
+
+#### Attention : solution dans le 'hint' suivant! ####
+```
+
+```{r bar2_h3-solution}
+chart(e_mathaei, formula = ~ site %fill=% variety) +
+  geom_bar() 
+```
+
+```{r bar2_h3-check}
+grade_code("Vous savez maintenant comment combiner 2 variables facteurs dans un graphique en barres.")
+```
+
+### Dénombrement d'oursin par site 2
+
+Par défaut, l'argument `position =` a pour valeur `stack`. Les chercheurs réalisent alors deux nouveaux graphiques avec les mêmes données en modifiant l'argument `position =`.
+
+```{r}
+# position = "dodge"
+a <- chart(e_mathaei, formula = ~ site %fill=% variety) +
+  geom_bar(position = "dodge") 
+# position = "fill"
+b <- chart(e_mathaei, formula = ~ ~ site %fill=% variety) +
+  geom_bar(position = "fill") 
+# Combinaison des deux graphiques
+combine_charts(list(a, b), common.legend = TRUE)
+```
+
+A partir du jeu de donnée `e_mathaei`, reproduisez le graphique ci-dessus représentant le nombre d'oursin pour chacune des variétés (`variety`) par site en utilisant la valeur `dodge` pour le graphique **A** et la valeur `fill` pour le graphique **B**.
+
+```{r bar3_h3, exercise=TRUE}
+# position = "dodge"
+a <- chart(___, formula = ~ ___ ___ ___) +
+  geom_bar(___) 
+# position = "fill"
+b <- chart(___, formula = ~ ___ ___ ___) +
+  geom_bar(___) 
+# Combinaison des deux graphiques
+combine_charts(list(a, b), common.legend = TRUE)
+```
+
+```{r bar3_h3-hint-1}
+# position = "dodge"
+a <- chart(DF, formula = ~ ___ %fill=% ___) +
+  geom_bar(position = ___) 
+# position = "fill"
+b <- chart(___, formula = ~ ___ ___ ___) +
+  geom_bar(___) 
+# Combinaison des deux graphiques
+combine_charts(list(a, b), common.legend = TRUE)
+```
+
+```{r bar3_h3-hint-2}
+# position = "dodge"
+a <- chart(e_mathaei, formula = ~ FACTOR %fill=% FACTOR) +
+  geom_bar(position = ___) 
+# position = "fill"
+b <- chart(DF, formula = ~ ___ %fill=% ___) +
+  geom_bar(position = ___) 
+# Combinaison des deux graphiques
+combine_charts(list(a, b), common.legend = TRUE)
+
+#### Attention : solution dans le 'hint' suivant! ####
+```
+
+```{r bar3_h3-solution }
+# position = "dodge"
+a <- chart(e_mathaei, formula = ~ site %fill=% variety) +
+  geom_bar(position = "dodge") 
+# position = "fill"
+b <- chart(e_mathaei, formula = ~ ~ site %fill=% variety) +
+  geom_bar(position = "fill") 
+# Combinaison des deux graphiques
+combine_charts(list(a, b), common.legend = TRUE)
+```
+
+```{r bar2_h3-check}
+grade_code("Vous connaissez maintenant les différentes valeurs que peuvent prendre l'argument `position =`. Notez la **différence** qui existe entre le graphique par defaut (`position = stack`) et le graphique B (`position = fill`) ! Le rendu est similaire mais c'est la **fraction** par rapport au total qui est représentée dans le graphique B et **non les effectifs** absolus !!")
+```
+
+## Biométrie de crabes
+
+Des scientifiques étudient la biométrie de *Leptograpsus variegatus* et ont obtenu le tableau ci-dessous.
+
+```{r crabs_data, echo = TRUE}
+(crabs <- read("crabs", package = "MASS", lang = "fr"))
+```
+
+Il décident de réaliser le graphique ci-dessous.
+
+```{r}
+chart(crabs, length ~ sex %fill=% sex | species ) +
+  stat_summary(geom = "col", fun.y = "mean")
+```
+
+Reproduisez, à partir des données contenues dans `crabs`, le graphique ci-dessus qui représante la moyenne de la longueur de la carapace (`length`) en fonction du sexe (`sex`) pour chacune des variétés d'oursins (`variety`). Utilisez aussi de la couleur pour mettre en évidence le sexe. 
+
+```{r bar4_h3, exercise=TRUE}
+chart(___, ___ ~ ___ ___ ___ ___ ___ ) +
+  stat_summary(geom = ___, fun.y = ___)
+```
+
+```{r bar4_h3-hint-1}
+chart(DF, ___ ~ ___ %fill=% ___ | ___ ) +
+  stat_summary(geom = "col", fun.y = ___)
+```
+
+```{r bar4_h3-hint-2}
+chart(crabs, NUM ~ FACTOR %fill=% FACTOR | FACTOR) +
+  stat_summary(geom = "col", fun.y = "mean")
+
+#### Attention : solution dans le 'hint' suivant! ####
+```
+
+```{r bar4_h3-solution}
+chart(crabs, length ~ sex %fill=% sex | species ) +
+  stat_summary(geom = "col", fun.y = "mean")
+```
+
+```{r bar4_h3-check}
+grade_code("Bravo ! Vous maitrisez maintenant une nouvelle famille de fonctions qui vous permet d'effectuer des calculs sur les données.")
+```
+
+## Conclusion
+
+Félicitation ! Vous venez de terminer votre séance d'exercices dans un tutoriel "learnr".
+
+Vous maitrisez maintenant tous les outils nécessaire pour la réalisation de la plupart de vos graphiques. 
+
+```{r comm_noscore, echo=FALSE}
+question_text(
+  "Laissez-nous vos impressions sur ce learnr",
+  answer("", TRUE, message = "Pas de commentaires... C'est bien aussi."),
+  incorrect = "Vos commentaires sont enregistrés.",
+  placeholder = "Entrez vos commentaires ici...",
+  allow_retry = TRUE
+)
+```
+