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Commit 1f112f3

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Learnrs for module 3 ready for 2024-2025
1 parent 28dc17f commit 1f112f3

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DESCRIPTION

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
11
Package: BioDataScience1
2-
Version: 2024.2.0
2+
Version: 2024.3.0
33
Title: A Series of Learnr Documents for Biological Data Science 1
44
Description: Interactive documents using learnr and shiny applications for studying biological data science.
55
Authors@R: c(

NEWS.md

Lines changed: 6 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,3 +1,9 @@
1+
# BioDataScience1 2024.3.0
2+
3+
- Learnrs **A03La_barplot**, **A03Lb_boxplot** and **A03Lc_comp_fig** revised.
4+
5+
- Learnr **A02Lc_git** revised.
6+
17
# BioDataScience1 2024.2.0
28

39
- Learnrs **A02La_progression** and **A02Lb_univariate** revised.

inst/tutorials/A02Lc_git/A02Lc_git.Rmd.inactivated renamed to inst/tutorials/A02Lc_git/A02Lc_git.Rmd

Lines changed: 19 additions & 19 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -29,7 +29,7 @@ BioDataScience1::learnr_server(input, output, session)
2929

3030
## Objectifs
3131

32-
- Auto-évaluer sa compréhension des différentes actions dans Git.
32+
- Autoévaluer sa compréhension des différentes actions dans Git.
3333

3434
## Analyse de situation Git
3535

@@ -49,41 +49,41 @@ quiz(
4949
answer("commit", correct = TRUE, message = "Un commit permet d'enregistrer une version du projet."),
5050
answer("clone", message = "Un *clone* permet de créer un double local d’un dépôt GitHub."),
5151
answer("push", message = "Un *push* permet d'envoyer ses modifications locales vers le dépôt GitHub."),
52-
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliqué dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
52+
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliquées dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
5353
answer("fetch", message = "Un *fetch* permet de faire un pull et un push successivement."),
5454
answer("fork", message = "Un *fork* permet de faire une copie dans notre propre compte GitHub d'un dépôt sur GitHub."),
55-
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'orgine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
55+
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'origine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
5656
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
5757
correct = "Bravo ! Vous avez trouvé la bonne réponse.",
58-
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prennez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub",
58+
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prenez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub",
5959
submit_button = "Soumettre une réponse",
6060
try_again_button = "Resoumettre une réponse"
6161
),
6262
question("Qualifiez l'action **B**",
6363
answer("commit", message = "Un *commit* permet d'enregistrer une version du projet."),
6464
answer("clone", message = "Un *clone* permet de créer un double local d’un dépôt GitHub."),
6565
answer("push", correct = TRUE, message = "Un *push* permet d'envoyer ses modifications locales vers le dépôt GitHub."),
66-
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliqué dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
66+
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliquées dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
6767
answer("fetch", message = "Un *fetch* permet de faire un pull et un push successivement."),
6868
answer("fork", message = "Un *fork* permet de faire une copie dans notre propre compte GitHub d'un dépôt sur GitHub."),
69-
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'orgine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
69+
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'origine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
7070
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
7171
correct = "Bravo ! Vous avez trouvé la bonne réponse.",
72-
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prennez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub",
72+
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prenez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub",
7373
submit_button = "Soumettre une réponse",
7474
try_again_button = "Resoumettre une réponse"
7575
),
7676
question("Qualifiez l'action **C**",
7777
answer("commit", message = "Un *commit* permet d'enregistrer une version du projet."),
7878
answer("clone", message = "Un *clone* permet de créer un double local d’un dépôt GitHub."),
7979
answer("push", message = "Un *push* permet d'envoyer ses modifications locales vers le dépôt GitHub."),
80-
answer("pull", correct = TRUE, message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliqué dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
80+
answer("pull", correct = TRUE, message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliquées dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
8181
answer("fetch", message = "Un *fetch* permet de faire un pull et un push successivement."),
8282
answer("fork", message = "Un *fork* permet de faire une copie dans notre propre compte GitHub d'un dépôt sur GitHub."),
83-
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'orgine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
83+
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'origine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
8484
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
8585
correct = "Bravo ! Vous avez trouvé la bonne réponse.",
86-
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prennez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub",
86+
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prenez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub",
8787
submit_button = "Soumettre une réponse",
8888
try_again_button = "Resoumettre une réponse"
8989
)
@@ -104,41 +104,41 @@ quiz(
104104
answer("commit", message = "Un *commit* permet d'enregistrer une version du projet."),
105105
answer("clone", message = "Un *clone* permet de créer un double local d’un dépôt GitHub."),
106106
answer("push", message = "Un *push* permet d'envoyer ses modifications locales vers le dépôt GitHub."),
107-
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliqué dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
107+
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliquées dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
108108
answer("fetch", message = "Un *fetch* permet de faire un pull et un push successivement."),
109109
answer("fork", correct = TRUE, message = "Un *fork* permet de faire une copie dans notre propre compte GitHub d'un dépôt sur GitHub."),
110-
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'orgine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
110+
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'origine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
111111
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
112112
correct = "Bravo ! Vous avez trouvé la bonne réponse.",
113-
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prennez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub",
113+
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prenez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub",
114114
submit_button = "Soumettre une réponse",
115115
try_again_button = "Resoumettre une réponse"
116116
),
117117
question("Qualifiez l'action **B**",
118118
answer("commit", correct = TRUE, message = "Un *commit* permet d'enregistrer une version du projet."),
119119
answer("clone", message = "Un *clone* permet de créer un double local d’un dépôt GitHub."),
120120
answer("push", message = "Un *push* permet d'envoyer ses modifications locales vers le dépôt GitHub."),
121-
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliqué dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
121+
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliquées dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
122122
answer("fetch", message = "Un *fetch* permet de faire un pull et un push successivement."),
123123
answer("fork", message = "Un *fork* permet de faire une copie dans notre propre compte GitHub d'un dépôt sur GitHub."),
124-
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'orgine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
124+
answer("pull request", message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'origine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
125125
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
126126
correct = "Bravo ! Vous avez trouvé la bonne réponse.",
127-
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prennez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub.",
127+
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prenez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub.",
128128
submit_button = "Soumettre une réponse",
129129
try_again_button = "Resoumettre une réponse"
130130
),
131131
question("Qualifiez l'action **C**",
132132
answer("commit", message = "Un *commit* permet d'enregistrer une version du projet."),
133133
answer("clone", message = "Un *clone* permet de créer un double local d’un dépôt GitHub."),
134134
answer("push", message = "Un *push* permet d'envoyer ses modifications locales vers le dépôt GitHub."),
135-
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliqué dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
135+
answer("pull", message = "Un *pull* permet de rapatrier les modifications que les autres utilisateurs ont appliquées dans le dépôt GitHub vers sa propre version locale."),
136136
answer("fetch", message = "Un *fetch* permet de faire un pull et un push successivement."),
137137
answer("fork", message = "Un *fork* permet de faire une copie dans notre propre compte GitHub d'un dépôt sur GitHub."),
138-
answer("pull request", correct = TRUE, message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'orgine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
138+
answer("pull request", correct = TRUE, message = "Un *pull request* permet de suggérer à l’auteur du dépôt d'origine que vous avez fait des modifications qui pourraient l’intéresser. L'auteur peut accepter ou refuser ces modifications."),
139139
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
140140
correct = "Bravo ! Vous avez trouvé la bonne réponse.",
141-
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prennez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub.",
141+
incorrect = "Attention, Ce n'est pas la bonne réponse. Toutes ces notions ne sont pas simples. Prenez le temps de réviser la section sur Git et sur GitHub.",
142142
submit_button = "Soumettre une réponse",
143143
try_again_button = "Resoumettre une réponse"
144144
)

inst/tutorials/A03La_barplot/A03La_barplot.Rmd.inactivated renamed to inst/tutorials/A03La_barplot/A03La_barplot.Rmd

Lines changed: 4 additions & 4 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -94,7 +94,7 @@ chart(e_mathaei, ~variety) +
9494
```
9595

9696
```{r bar1_h3-check}
97-
grade_code("Vous venez de réaliser votre premier graphique en barre.")
97+
grade_code("Vous venez de réaliser votre premier graphique en barres.")
9898
```
9999

100100
### Dénombrement d'oursins par site
@@ -210,7 +210,7 @@ combine_charts(list(a, b), common.legend = TRUE)
210210
```
211211

212212
```{r bar3_h3-check}
213-
grade_code("Vous connaissez maintenant différentes valeurs que peuvent prendre l'argument `position =`. Notez la **différence** qui existe entre le graphique par defaut (`position = \"stack\"`) et le graphique B (`position = \"fill\"`) ! Le rendu est similaire mais c'est la **fraction** par rapport au total qui est représentée dans le graphique B et **non les effectifs absolus** !")
213+
grade_code("Vous connaissez maintenant différentes valeurs que peuvent prendre l'argument `position =`. Notez la **différence** qui existe entre le graphique par defaut (`position = \"stack\"`) et le graphique B (`position = \"fill\"`) ! Le rendu est similaire, mais c'est la **fraction** par rapport au total qui est représentée dans le graphique B et **non les effectifs absolus** !")
214214
```
215215

216216
### Dénombrement d'oursins (version camembert)
@@ -329,7 +329,7 @@ chart(e_mathaei, ~variety %fill=% variety) +
329329
```
330330

331331
```{r bar4_h3-check}
332-
grade_code("Voilà un graphique finalisé. C'est important de peaufiner les graphiques que vous conservez pour vos rapports ou publications, par opposition à ceux qui se trouvent dans vos bloc-notes où les sorties par défaut de {chart} suffisent pour avoir une présentation suffisante pour l'interprétation.")
332+
grade_code("Voilà un graphique finalisé. C'est important de peaufiner les graphiques que vous conservez pour vos rapports ou publications, par opposition à ceux qui se trouvent dans vos blocs-notes où les sorties par défaut de {chart} suffisent pour avoir une présentation suffisante pour l'interprétation.")
333333
```
334334

335335
## Biométrie de crabes
@@ -378,7 +378,7 @@ grade_code("Les fonctions `stat_XXX()` vous permettent d'effectuer des calculs s
378378

379379
## Conclusion
380380

381-
Félicitations ! Vous venez de terminer votre séance d’exercices relative aux graphiques en barres et en camembert. Vous maîtrisez maintenant tous les outils nécessaires pour la réalisation d’une belle panoplie de graphiques. Il existe bien d’autres types de graphiques, cependant. Nous vous encourageons à consulter le site [R Graph Gallery](https://www.r-graph-gallery.com/) pour découvrir d’autres types de graphiques et comment les réaliser avec {ggplot2}.
381+
Félicitations ! Vous venez de terminer votre séance d’exercices relative aux graphiques en barres et en camembert. Vous maîtrisez maintenant tous les outils nécessaires pour la réalisation d’une belle panoplie de graphiques. Il existe bien d’autres types de graphiques, cependant. Nous vous encourageons à consulter le site [R Graph Gallery](https://www.r-graph-gallery.com/) pour découvrir d’autres types de graphiques et comment les réaliser avec {ggplot2}.
382382

383383
```{r comm_noscore, echo=FALSE}
384384
question_text(

inst/tutorials/A03Lb_boxplot/A03Lb_boxplot.Rmd.inactivated renamed to inst/tutorials/A03Lb_boxplot/A03Lb_boxplot.Rmd

Lines changed: 10 additions & 10 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,8 +1,8 @@
11
---
2-
title: "Boites de dispersion"
2+
title: "Boites à moustaches"
33
subtitle: "Visualisation III"
44
author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
5-
description: "**SDD I Module 3** Faire des boites de dispersion (parallèles) dans R."
5+
description: "**SDD I Module 3** Créer des boites à moustaches (parallèles) dans R."
66
tutorial:
77
id: "A03Lb_boxplot"
88
version: 2.1.0/7
@@ -35,7 +35,7 @@ BioDataScience1::learnr_server(input, output, session)
3535

3636
## Objectifs
3737

38-
- Vérifier que vous êtes capable de réaliser des boites de dispersion (parallèles)
38+
- Vérifier que vous êtes capable de réaliser des boites à moustaches (parallèles)
3939

4040
## Biométrie de crabes
4141

@@ -80,7 +80,7 @@ chart(data = crabs, length ~ species) +
8080
```
8181

8282
```{r boxplot1_h3-check}
83-
grade_code("Vous venez de réaliser votre premier graphique en boites de dispersion.")
83+
grade_code("Vous venez de réaliser votre premier graphique en boites à moustaches.")
8484
```
8585

8686
### Longueur de la carapace par espèce et par sexe
@@ -92,7 +92,7 @@ chart(crabs, length ~ species %fill=% sex) +
9292
geom_boxplot()
9393
```
9494

95-
À partir du jeu de données `crabs`, reproduisez le graphique en boites de dispersion ci-dessus représentant la longueur de la carapace (`length`) en fonction de l'espèce (`species`) coloré en fonction du sexe (`sex`).
95+
À partir du jeu de données `crabs`, reproduisez le graphique en boites à moustaches ci-dessus représentant la longueur de la carapace (`length`) en fonction de l'espèce (`species`) colorée en fonction du sexe (`sex`).
9696

9797
```{r boxplot2_h3, exercise=TRUE}
9898
chart(___, ___ ~ ___ ___ ___) +
@@ -135,7 +135,7 @@ chart(crabs, front ~ species %fill=% sex) +
135135
hjust = 0.5, position = position_dodge(0.75))
136136
```
137137

138-
À partir du jeu de données `crabs`, reproduisez le graphique en boites de dispersion ci-dessus représentant la taille du lobe frontal (`front`) en fonction de l'espèce (`species`) coloré en fonction du sexe (`sex`). N'oubliez pas de préciser le nombre d'observations pour chacune des boites de dispersion.
138+
À partir du jeu de données `crabs`, reproduisez le graphique en boites à moustaches ci-dessus représentant la taille du lobe frontal (`front`) en fonction de l'espèce (`species`) coloré en fonction du sexe (`sex`). N'oubliez pas de préciser le nombre d'observations pour chacune des boites à moustaches.
139139

140140
```{r boxplot3_h3, exercise=TRUE, exercise.lines=7}
141141
give_n <- function(x)
@@ -184,16 +184,16 @@ chart(crabs, front ~ species %fill=% sex) +
184184
grade_code("Vous maitrisez maintenant le code pour réaliser des boxplots et y ajouter l'indication du nombre d'individus par sous-groupe.")
185185
```
186186

187-
## QCM : boite de dispersion
187+
## QCM : boite à moustaches
188188

189189
Répondez aux questions à choix multiples ci-dessous.
190190

191191
```{r quiz}
192192
quiz(
193-
question("La boite de dispersion permet de résumer les données d'une variable numérique. Quels sont les descripteurs employés ?",
193+
question("La boite à moustaches permet de résumer les données d'une variable numérique. Quels sont les descripteurs employés ?",
194194
answer("la médiane", correct = TRUE),
195195
answer("la moyenne"),
196-
answer("l'espace inter-quartile", correct = TRUE),
196+
answer("l'espace interquartile", correct = TRUE),
197197
answer("la valeur maximale et la valeur minimale", correct = TRUE),
198198
answer("l'écart-type"),
199199
random_answer_order = TRUE,
@@ -227,7 +227,7 @@ quiz(
227227

228228
## Conclusion
229229

230-
Félicitation ! Vous venez de terminer votre séance d'exercices relative aux boites de dispersion.
230+
Félicitation ! Vous venez de terminer votre séance d'exercices relative aux boites à moustaches.
231231

232232
```{r comm_noscore, echo=FALSE}
233233
question_text(

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