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inst/tutorials/02a_base/base.Rmd

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@@ -49,7 +49,7 @@ Si vous n'avez jamais utilisé de tutoriel "learnr", familiarisez-vous d'abord a
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5050
![](images/attention.jpg)
5151

52-
> Conformément au RGPD ([Règlement Général sur la Protection des Données](https://ec.europa.eu/info/law/law-topic/data-protection/reform/rules-business-and-organisations/principles-gdpr_fr)), nous sommes tenus de vous informer de ce que vos résultats seront collecté afin de suivre votre progression. **Les données seront enregistrées au nom de l'utilisateur apparaissant en haut de cette page. Corrigez si nécessaire !** En utilisant ce tutoriel, vous marquez expressément votre accord pour que ces données puissent être collectées par vos enseignants et utilisées pour vous aider et vous évaluer. Après avoir été anonymisées, ces données pourront également servir à des études globales dans un cadre scientifique et/ou éducatif uniquement.
52+
> Conformément au RGPD ([Règlement Général sur la Protection des Données](https://ec.europa.eu/info/law/law-topic/data-protection/reform/rules-business-and-organisations/principles-gdpr_fr)), nous sommes tenus de vous informer de ce que vos résultats seront collectés afin de suivre votre progression. **Les données seront enregistrées au nom de l'utilisateur apparaissant en haut de cette page. Corrigez si nécessaire !** En utilisant ce tutoriel, vous marquez expressément votre accord pour que ces données puissent être collectées par vos enseignants et utilisées pour vous aider et vous évaluer. Après avoir été anonymisées, ces données pourront également servir à des études globales dans un cadre scientifique et/ou éducatif uniquement.
5353
5454

5555
## Objectif
@@ -92,7 +92,7 @@ Vous pouvez tout d'abord employer R comme une calculatrice (ce qui est bien réd
9292

9393
- R retourne une réponse précédée de `[1]`. Nous verrons plus loin qu'il retourne en réalité un vecteur, même si ce vecteur ne contient qu'un seul item. Le `[1]` indique la position dans le vecteur.
9494

95-
Voici un premier exemple d'instruction R tel qu'il se présente dans les tutoriels (les instructions à rentrer dans R sont présentées dans des cadres gris) suivie de la réponse renvoyée par le logiciel (cadre blanc juste en dessous) :
95+
Voici un premier exemple d'instruction R tel qu'elle se présente dans les tutoriels (les instructions à rentrer dans R sont présentées dans des cadres gris) suivie de la réponse renvoyée par le logiciel (cadre blanc juste en dessous) :
9696

9797
```{r calculatrice, echo=TRUE}
9898
3 + 2
@@ -204,7 +204,7 @@ v3 <- c("noir", "jaune", "rouge")
204204

205205
**Astuce :**
206206

207-
- Pour créer un vecteur d'une séquence continue de nombre, tel 2, 3, 4, 5, vous pouvez utiiser l'opérateur `:` en plaçant le nombre initial de la série devant et le nombre final derrière.
207+
- Pour créer un vecteur d'une séquence continue de nombre, tel 2, 3, 4, 5, vous pouvez utiliser l'opérateur `:` en plaçant le nombre initial de la série devant et le nombre final derrière.
208208

209209
```{r serie, echo=TRUE}
210210
# La série

inst/tutorials/02a_base/base.html

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@@ -71,7 +71,7 @@ <h2>Préambule</h2>
7171
<p>Si vous n’avez jamais utilisé de tutoriel “learnr”, familiarisez-vous d’abord avec son interface <a href="http://biodatascience-course.sciviews.org/sdd-umons/learnr.html">ici</a>.</p>
7272
<p><img src="images/attention.jpg" /></p>
7373
<blockquote>
74-
<p>Conformément au RGPD (<a href="https://ec.europa.eu/info/law/law-topic/data-protection/reform/rules-business-and-organisations/principles-gdpr_fr">Règlement Général sur la Protection des Données</a>), nous sommes tenus de vous informer de ce que vos résultats seront collecté afin de suivre votre progression. <strong>Les données seront enregistrées au nom de l’utilisateur apparaissant en haut de cette page. Corrigez si nécessaire !</strong> En utilisant ce tutoriel, vous marquez expressément votre accord pour que ces données puissent être collectées par vos enseignants et utilisées pour vous aider et vous évaluer. Après avoir été anonymisées, ces données pourront également servir à des études globales dans un cadre scientifique et/ou éducatif uniquement.</p>
74+
<p>Conformément au RGPD (<a href="https://ec.europa.eu/info/law/law-topic/data-protection/reform/rules-business-and-organisations/principles-gdpr_fr">Règlement Général sur la Protection des Données</a>), nous sommes tenus de vous informer de ce que vos résultats seront collectés afin de suivre votre progression. <strong>Les données seront enregistrées au nom de l’utilisateur apparaissant en haut de cette page. Corrigez si nécessaire !</strong> En utilisant ce tutoriel, vous marquez expressément votre accord pour que ces données puissent être collectées par vos enseignants et utilisées pour vous aider et vous évaluer. Après avoir été anonymisées, ces données pourront également servir à des études globales dans un cadre scientifique et/ou éducatif uniquement.</p>
7575
</blockquote>
7676
</div>
7777
<div id="section-objectif" class="section level2">
@@ -139,7 +139,7 @@ <h2>R, une calculette scientifique</h2>
139139
<li><p>Les espaces au sein des instructions sont facultatives, mais elles aèrent le code. C’est comme en français : sansespacesonlitnettementmoinsbien! Dans certain cas, il vaut mieux les omettre, comme pour <code>3^2</code> qui indique que cette opération est prioritaire sur les autres. <code>1 - 3^2</code> signifie <code>1 - (3^2)</code>, 3 est d’abord élevé au carré, et puis on soustrait cette valeur à un, et non <code>(1 - 3)^2</code>. De même, la multiplication et la division sont prioritaires sur l’addition et la soustraction.</p></li>
140140
<li><p>R retourne une réponse précédée de <code>[1]</code>. Nous verrons plus loin qu’il retourne en réalité un vecteur, même si ce vecteur ne contient qu’un seul item. Le <code>[1]</code> indique la position dans le vecteur.</p></li>
141141
</ul>
142-
<p>Voici un premier exemple d’instruction R tel qu’il se présente dans les tutoriels (les instructions à rentrer dans R sont présentées dans des cadres gris) suivie de la réponse renvoyée par le logiciel (cadre blanc juste en dessous) :</p>
142+
<p>Voici un premier exemple d’instruction R tel qu’elle se présente dans les tutoriels (les instructions à rentrer dans R sont présentées dans des cadres gris) suivie de la réponse renvoyée par le logiciel (cadre blanc juste en dessous) :</p>
143143
<pre class="r"><code>3 + 2</code></pre>
144144
<pre><code>[1] 5</code></pre>
145145
<p>A vous maintenant :</p>
@@ -226,7 +226,7 @@ <h2>R, les assignations</h2>
226226
v3 &lt;- c(&quot;noir&quot;, &quot;jaune&quot;, &quot;rouge&quot;)</code></pre>
227227
<p><strong>Astuce :</strong></p>
228228
<ul>
229-
<li>Pour créer un vecteur d’une séquence continue de nombre, tel 2, 3, 4, 5, vous pouvez utiiser l’opérateur <code>:</code> en plaçant le nombre initial de la série devant et le nombre final derrière.</li>
229+
<li>Pour créer un vecteur d’une séquence continue de nombre, tel 2, 3, 4, 5, vous pouvez utiliser l’opérateur <code>:</code> en plaçant le nombre initial de la série devant et le nombre final derrière.</li>
230230
</ul>
231231
<pre class="r"><code># La série
232232
c(2, 3, 4, 5)</code></pre>
@@ -283,7 +283,7 @@ <h2>R, les assignations</h2>
283283
<h2>R, les fonctions</h2>
284284
<p>Les fonctions sont très importantes dans R. C’est elles qui effectuent tous vos calculs. Pour appeler une fonction, on utilise son nom suivi d’une parenthèse, et éventuellement un ou plusieurs arguments fournis à l’intérieur de la parenthèse et séparés par une virgule <code>fun_name(arg1, arg2, ...)</code>. Voici un exemple d’une fonction appelée sans argument :</p>
285285
<pre class="r"><code>Sys.Date()</code></pre>
286-
<pre><code>[1] &quot;2019-09-03&quot;</code></pre>
286+
<pre><code>[1] &quot;2019-09-18&quot;</code></pre>
287287
<p>Une autre fonction appelée avec un seul argument :</p>
288288
<pre class="r"><code>x &lt;- 1:4
289289
sum(x)</code></pre>
@@ -374,7 +374,7 @@ <h2>Imbrication et chaînage</h2>
374374
<p>Mais dans ce dernier cas, la lecture devient plus difficile. On peut aussi <strong>chaîner</strong> des instructions avec l’opérateur <code>%&gt;.%</code> dans la version <code>SciViews::R</code> qui charge des “packages” supplémentaires pour fournir des fonctions en plus de R de base :</p>
375375
<pre class="r"><code># Installer SciViews::R
376376
SciViews::R</code></pre>
377-
<pre><code>── Attaching packages ─────────────────────────────────────────────── SciViews::R 1.1.0 ──</code></pre>
377+
<pre><code>── Attaching packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── SciViews::R 1.1.0 ──</code></pre>
378378
<pre><code>✔ SciViews 1.1.0 ✔ purrr 0.3.2
379379
✔ chart 1.3.0 ✔ readr 1.3.1
380380
✔ flow 1.0.0 ✔ tidyr 0.8.3
@@ -383,7 +383,7 @@ <h2>Imbrication et chaînage</h2>
383383
✔ forcats 0.4.0 ✔ tidyverse 1.2.1
384384
✔ stringr 1.4.0 ✔ lattice 0.20.38
385385
✔ dplyr 0.8.0.1 ✔ MASS 7.3.51.3</code></pre>
386-
<pre><code>── Conflicts ──────────────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
386+
<pre><code>── Conflicts ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
387387
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
388388
✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
389389
✖ dplyr::select() masks MASS::select()</code></pre>
@@ -532,7 +532,7 @@ <h2>Conclusion</h2>
532532
<!--/html_preserve-->
533533
<!--html_preserve-->
534534
<script type="application/shiny-prerendered" data-context="execution_dependencies">
535-
{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["packages"]}},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["packages","version"]},"class":{"type":"character","attributes":{},"value":["data.frame"]},"row.names":{"type":"integer","attributes":{},"value":[1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["acepack","assertthat","backports","base","base64enc","BioDataScience","broom","cellranger","chart","checkmate","cli","cluster","codetools","colorspace","compiler","cowplot","crayon","data.io","data.table","datasets","digest","dplyr","ellipse","evaluate","flow","forcats","foreign","Formula","generics","ggplot2","ggplotify","ggpubr","glue","graphics","grDevices","grid","gridExtra","gridGraphics","gtable","haven","Hmisc","hms","htmlTable","htmltools","htmlwidgets","httpuv","httr","igraph","inline","jsonlite","knitr","later","lattice","latticeExtra","lazyeval","learnr","lubridate","magrittr","markdown","MASS","Matrix","methods","mime","modelr","mongolite","munsell","nlme","nnet","pillar","pkgconfig","plyr","promises","proto","pryr","purrr","R6","RColorBrewer","Rcpp","readr","readxl","remotes","rlang","rmarkdown","rpart","rprojroot","rstudioapi","rvcheck","rvest","scales","SciViews","shiny","splines","stats","stringi","stringr","survival","svMisc","tibble","tidyr","tidyselect","tidyverse","tools","tsibble","utils","viridis","viridisLite","withr","xfun","xml2","xtable","yaml"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["1.4.1","0.2.1","1.1.3","3.5.3","0.1-3","2019.0.0","0.5.2","1.1.0","1.3.0","1.9.1","1.1.0","2.0.8","0.2-16","1.4-1","3.5.3","0.9.4","1.3.4","1.2.2","1.12.2","3.5.3","0.6.18","0.8.0.1","0.4.1","0.13","1.0.0","0.4.0","0.8-71","1.2-3","0.0.2","3.1.1","0.0.3","0.2","1.3.1","3.5.3","3.5.3","3.5.3","2.3","0.3-0","0.3.0","2.1.0","4.2-0","0.4.2","1.13.1","0.3.6","1.3","1.5.1","1.4.0","1.2.4","0.3.15","1.6","1.22","0.8.0","0.20-38","0.6-28","0.2.2","0.9.2.1","1.7.4","1.5","0.9","7.3-51.3","1.2-17","3.5.3","0.6","0.1.4","2.0.1","0.5.0","3.1-138","7.3-12","1.3.1","2.0.2","1.8.4","1.0.1","1.0.0","0.1.4","0.3.2","2.4.0","1.1-2","1.0.1","1.3.1","1.3.1","2.0.2","0.3.4","1.12","4.1-13","1.3-2","0.10","0.1.3","0.3.2","1.0.0","1.1.0","1.3.0","3.5.3","3.5.3","1.4.3","1.4.0","2.44-1.1","1.1.0","2.1.1","0.8.3","0.2.5","1.2.1","3.5.3","0.7.0","3.5.3","0.5.1","0.3.0","2.1.2","0.6","1.2.0","1.8-3","2.2.0"]}]}]}
535+
{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["packages"]}},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["packages","version"]},"class":{"type":"character","attributes":{},"value":["data.frame"]},"row.names":{"type":"integer","attributes":{},"value":[1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112,113,114,115,116,117]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["acepack","assertthat","backports","base","base64enc","BioDataScience","broom","cellranger","chart","checkmate","cli","cluster","codetools","colorspace","compiler","cowplot","crayon","data.io","data.table","datasets","digest","dplyr","ellipse","evaluate","farver","flow","forcats","foreign","Formula","generics","gganimate","ggplot2","ggplotify","ggpubr","glue","graphics","grDevices","grid","gridExtra","gridGraphics","gtable","haven","Hmisc","hms","htmlTable","htmltools","htmlwidgets","httpuv","httr","igraph","inline","jsonlite","knitr","later","lattice","latticeExtra","lazyeval","learnr","lubridate","magick","magrittr","markdown","MASS","Matrix","methods","mime","modelr","mongolite","munsell","nlme","nnet","pillar","pkgconfig","plyr","prettyunits","progress","promises","proto","pryr","purrr","R6","RColorBrewer","Rcpp","readr","readxl","remotes","rlang","rmarkdown","rpart","rprojroot","rstudioapi","rvcheck","rvest","scales","SciViews","shiny","splines","stats","stringi","stringr","survival","svMisc","tibble","tidyr","tidyselect","tidyverse","tools","tsibble","tweenr","utils","viridis","viridisLite","withr","xfun","xml2","xtable","yaml"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["1.4.1","0.2.1","1.1.3","3.5.3","0.1-3","2019.1.0","0.5.2","1.1.0","1.3.0","1.9.1","1.1.0","2.0.8","0.2-16","1.4-1","3.5.3","0.9.4","1.3.4","1.2.2","1.12.2","3.5.3","0.6.18","0.8.0.1","0.4.1","0.13","1.1.0","1.0.0","0.4.0","0.8-71","1.2-3","0.0.2","1.0.3","3.1.1","0.0.3","0.2","1.3.1","3.5.3","3.5.3","3.5.3","2.3","0.3-0","0.3.0","2.1.0","4.2-0","0.4.2","1.13.1","0.3.6","1.3","1.5.1","1.4.0","1.2.4","0.3.15","1.6","1.22","0.8.0","0.20-38","0.6-28","0.2.2","0.9.2.1","1.7.4","2.0","1.5","0.9","7.3-51.3","1.2-17","3.5.3","0.6","0.1.4","2.0.1","0.5.0","3.1-138","7.3-12","1.3.1","2.0.2","1.8.4","1.0.2","1.2.0","1.0.1","1.0.0","0.1.4","0.3.2","2.4.0","1.1-2","1.0.1","1.3.1","1.3.1","2.0.2","0.3.4","1.12","4.1-13","1.3-2","0.10","0.1.3","0.3.2","1.0.0","1.1.0","1.3.0","3.5.3","3.5.3","1.4.3","1.4.0","2.44-1.1","1.1.0","2.1.1","0.8.3","0.2.5","1.2.1","3.5.3","0.7.0","1.0.1","3.5.3","0.5.1","0.3.0","2.1.2","0.6","1.2.0","1.8-3","2.2.0"]}]}]}
536536
</script>
537537
<!--/html_preserve--></li>
538538
</ul>

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